就其本質而言，航運業是一個週期性顯著的行業，其變化與國際貿易息息相關。經濟蓬勃時，航運業也隨之繁榮，因而需要大力加購卡車和船舶，以滿足不斷增長的需求。然而，待全部設施就位並投入使用時，經濟發展或已放緩，最終導致運載資源過剩。
 
受制於傳統模式，很多托運人仍依賴電子表格、電話等錯誤率高、效率低的人手作業方式進行貨物運輸。另一方面，個別貨主的特殊要求，一般服務無法充分滿足。

此外，航運業規模龐大且波動性高，對經紀人或單一承運人的依賴會讓托運人備受掣肘。雖然在燃料費、運費、評估費等方面仍有協商的空間，但通常無法讓托運人直接獲利。
 

航運業的國際化特質意味著在不同地區要遵循不同的規則和流程，為行業帶來獨特的挑戰。對依賴紙張可能會讓文件丟失，便成為托運人需要經常面臨的問題之一。此外，托運人難以控制的因素繁多，如海關檢查、清關延遲、關稅稅金遺漏、貨物超重罰款、海關意外關閉等。每年還有為數驚人的集裝箱受損或丟失。

全球貿易對交付時間的要求較為嚴格。大多數企業都要求貨物從發貨地需按時運抵目的地，尤其是服裝和汽車等需要「及時交貨」的行業。此外，電子商務的迅速發展以及客戶期望提升，為複雜的全球供應鏈流程增添多一重挑戰。

現今客戶所面臨最普遍的問題是貨物缺乏準確且及時更新的「預計到達時間」。大部分客戶希望「預計到達時間」能隨着貨物在整個供應鏈中持續更新狀況，以便他們進行相應規劃。而對醫藥等高價值行業，供應鏈的完整性更是重中之重。溫度偏差、貨物被盜、假冒偽造等因素都有可能對這種完整性造成威脅。在該行業，有時按時足額交貨甚至能挽救生命。因此，托運人極需提升點對點的透明度並進行風險管理。托運人為尋求集裝箱的透明度，可能要瀏覽十多個不同的碼頭、承運人及設備提供商的網站來嘗試追蹤貨物，這樣往往低效而不可靠。

消費品製造商必須嚴格按照客戶要求的期限交貨，否則將產生額外費用，這稱為「按日期送達」（MABD）。如果無法按照客戶指定期限交貨，製造商可能需要承受難以預計的損失，而製造商與買家之間的關係也會因此受損。

越來越多的消費品因容易變質而需要恆溫託運。隨著越來越多消費者托運易腐的新鮮產品，冷藏集裝箱需求大增。但這種專業運輸設備成本更高，面臨的監管環境也更嚴格，因此供應情況幾乎未見改善。這意味著與傳統卡車運輸或廂式掛車相比，冷藏集裝箱運載力更緊張，價格往往也更高。

危險貨物運輸是高度專業領域。供應鏈各環節的每一個實體都要對危險物品本身、所需文件、標籤、運輸要求以及必須遵守的規定有充分認識。因此，最好指定一家物流服務提供商或專門處理危險貨物的運輸公司，因為他們更熟悉危險貨物運輸流程、手續、打包和包裝要求以及所需文件。